"e-Pulse," energi yang tercipta dari pikiran dan emosi manusia, digunakan sebagai sumber tenaga untuk perangkat AI pendukung "Sapotama." Dari balik kemajuan luar biasa ini, muncullah monster-monster mengerikan. Mereka adalah Digimon, makhluk hidup yang berevolusi dengan cara mengonsumsi e-Pulse. Tenma Tomoro terlibat dalam sebuah kejadian luar biasa setelah bertemu dengan Gekkomon, yang tiba-tiba muncul dari perangkat Sapotama miliknya. Sembari tinggal bersama Kyo Sawashiro dan anggota lain dari tim pemburu bayaran "Golden Dawn," Tomoro membulatkan kembali tekadnya. Masa depan baru seperti apa yang akan terjalin antara manusia dan Digimon?